Wyróżnia się trzy podtypy kliniczne APD: zaburzenia uwagi słuchowej i rozumienia mowy w hałasie, zaburzenia fonologiczne i percepcji czasowych aspektów dźwięku oraz zaburzenia wymiany informacji słuchowej pomiędzy półkulami mózgu.Każdy z tych podtypów różni się występującymi trudnościami. Do prawidłowego zaprogramowania terapii, niezbędne jest więc jego określenie.
Zaburzenia uwagi słuchowej (auditory attention deficit) to podtyp, który charakteryzuje się występowaniem dużych trudności w rozumieniu mowy w hałasie. Obserwuje się tu trudności z utrzymaniem uwagi, impulsywność oraz zaburzoną krótkotrwałą pamięć słuchową. Uczniowie z trudnościami tego typu powinni zajmować miejsca w pierwszych ławkach.
Zaburzenia słyszenia na poziomie fonologicznym (decoding deficit) są klasyczną postacią centralnych zaburzeń słuchu. Charakteryzują się one zaburzeniami identyfikacji, różnicowania oraz zapamiętywania cech akustycznych fonemów (głosek) oraz trudnościami w rozumieniu mowy w hałasie, wynikających z nieprawidłowej percepcji wysokości dźwięku. Często współwystępują tu wady wymowy oraz trudności z nauką czytania i pisania. Za przyczynę tego typu zaburzeń przyjmuje się nieprawidłowe funkcjonowanie struktur neuronalnych w lewym płacie skroniowym.
Zaburzenia integracji (integration deficit), wynikają z zaburzeń wymiany informacji słuchowej pomiędzy półkulami mózgu przez ciało modzelowate. Występują tu trudności z zadaniami wymagającymi dobrej współpracy międzypółkulowej m.in.: uwagą i lateralizacją słuchową, rozumieniem ze słuchu, pisaniem, czytaniem, rysowaniem, tańcem oraz wykorzystywaniem prozodycznych cech mowy. Często rehabilitowane są metodą integracji sensorycznej.